Nhằm quản lý, bảo vệ phát triển bền vững các hệ sinh thái trong vườn quốc gia Tam Đảo(VQG), ngay từ khi thành lập ban quản lý VQG Tam Đảo đã chia VQG Tam Đảo thành 3 phân khu chính như sau:
Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt:
Có diện tích là 17295ha nằm ở độ cao 400m trở lên(trừ khu nghỉ mát Tam Đảo). Đây là khu vực còn rừng tự nhiên và là nơi cư chú của các loài chim thú trong khu vực.
- Chức năng: Bảo vệ nghiêm ngặt các hệ sinh thái rừng và hệ động, thực vật trong phân khu.
- Phương thức quản lý: Cấm khai thác gỗ, củi và các lâm sản khác. Cấm săn bắt động vật rừng và bất kỳ hành động nào ảnh hưởng đến rừng và các loài động thực vật rừng. Không xây dựng các công trình đồ sộ và làm đường lớn trong phân khu.
Phân khu phục hồi Sinh thái.
Có diện tích là 15.398ha, nằm bao quanh phân khu bảo vệ nghiêm ngặt. do trước kia khu vực này nằm ngoài khu rừng cấm Tam Đảo nên rừng tự nhiên ở khu vực này bị khai thác nhiều lần và nhiều diện tích đã bị mất rừng. Đến nay phân khu này được khoanh nuôi phục hồi và trồng lại rừng. Rừng đã phát triển tốt góp phần bảo vệ môi trường và phòng hộ đầu nguồn cho khu vực Tam Đảo.
- Chức năng: Tái tạo lại rừng tự nhiên trên diện tích đã bị phá hoại để phục hồi lại hệ sinh thái rừng và giảm bớt tác động cảu con người vào phân khu bảo vệ nghiêm ngặt, tăng cường bảo vệ môi trường và nguồn nước.
- Phương thức quản lý: Khoanh nuôi, lợi dụng tái sinh tự nhiên nơi còn cây mẹ gieo giống và đất rừng còn tốt. Trồng lại rừng nơi không còn khả năng tái sinh tự nhiên. Bước đầu có thể trồng cây nhập nội mọc nhanh như Thông đuôi ngựa( pinus massoniana), Keo(Acaciamangium). Sau đó, trồng cây gỗ lớn có nguồn gốc địa phương và cây đặc sản có giá trị kinh tế cao.
Phân khu hành chính và dịch vụ du lịch
Có diện tích 2.302ha nằm ở sườn Tây Bắc Tam Đảo(thuộc địa phận tỉnh Vĩnh Phúc) bao quanh thị trấn Tam Đảo và hệ thủy của 2 suối Thác Bạc và Đồng Bùa. Trong phân khu có cả rừng tự nhiên và rừng trồng để tạo cảnh quan đẹp và môi trường sinh thái cho khu du lịch.
- Chức năng: Tạo điều kiện thuận lợi để phát triển du lịch sinh thái, thu hút khách du lịch trong và ngoài nước đến nghỉ mát, giải trí và tìm hiểu thiên nhiên, tài nguyên rừng Tam Đảo.
- Phương thức quản lý: Xây dựng các khách sạn, nhà nghỉ, khu vui chơi giải trí hấp dẫn khách du lịch. Đồng thời xây dựng, cải tạo các điểm, các tuyến du lịch trong phân khu để tạo sự hấp dẫn cho du khách và luôn chú ý bảo vệ thiên nhiên trong khu vực, không làm tổn hại đến rừng, các cảnh quan, nguồn nước và môi trường sinh thái.